digital chemistry

digital chemistry社ではケモインフォマティクスのソフトウェアを開発しています。

旧BCI社から引き継いだCAS(Chemical Abstracts Service)でベースとなったフラグメントベースの化合物フィンガープリント、フィンガープリントの辞書ファイル作成、Ward's法やK-Means法の化合物クラスタリングのソフトウェアを提供しています。また、Markush構造にも対応している特徴も持っています。

http://www.digitalchemistry.co.uk/

digital chemistryの中心技術

Fingerprint

Fingerprint（フィンガープリント）とは分子の類似度をコンピューター上で比較する為に使われる手法です。ハッシュベースやディクショナリー ベースに分かれますがdigital chemistryではフラグメントにビットを立てる 固定長のディクショナリーベースを使用しています。

Clustering

Clustering（クラスタリング）とは化合物データベースを幾つかのかたまり（クラスタ）に分類を行うことを指します。よくFingerprintをディスクリプターとして使用し化合物の似ているもの同士でクラスタ分類します。ひとつのクラスタから代表化合物を取り出し、計算や実験を行った結果はクラスタ 内の他の化合物でも似ている結果が得られると予測できます。

Markush

Markush（マーカッシュ）構造とは母核と「R-group」と呼ばれるフラグメントを関連付けた化学構造です。非常に大きなデータセットをR-groupの変化でとても簡潔に表現できます。Markushはしばしば化合物の特許に関して使われ幾つかの特定の化合物だけでなく化合物クラスを表します。
QSAR解析、コンビナトリアルケミストリー等でも広く使われています。

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